Pastas são ótimas para organização hierárquica e estável: coisas que raramente mudam de categoria. Tags brilham quando um mesmo link pertence a vários contextos ao mesmo tempo. Já blocos, como os do Linkadu, funcionam melhor quando você quer ver várias áreas da sua vida digital de uma vez, sem precisar navegar por menus.
Na prática, a maioria das pessoas tenta usar os três sistemas ao mesmo tempo e acaba não usando nenhum direito. Escolher um método principal, e usar os outros só como exceção, é o que faz a organização durar além da primeira semana.